Naruto Uzumaki è un ninja dodicenne del Villaggio della Foglia con il sogno di diventare Hokage, il ninja più importante del villaggio. Naruto ha passato l'infanzia nell'emarginazione e durante uno scontro con Mizuki, un traditore, viene a scoprirne il motivo: dentro di lui é sigillato la Volpe, il più forte dei nove cercoteri. Dopo aver sconfitto Mizuki, Naruto viene promosso a Genin all'Accademia ninja e viene integrato nel Team 7 composto, oltre a lui, da Kakashi Hatake, Sakura Haruno e Sasuke Uchiha. Dopo varie avventure assieme, Sasuke abbandona il villaggio per allenarsi da Orochimaru ed ottenere il potere necessario per uccidere suo fratello Itachi, che aveva sterminato il suo clan. Con la fuga di Sasuke si conclude la prima serie animata. Il nemico principale fino a questo momento è il ninja traditore Orochimaru.

La storia riprende dopo circa tre anni. Naruto torna al Villaggio della Foglia dopo un lungo allenamento con Jiraiya. La storia coinvolge altri nemici, ovvero l'Organizzazione Alba, dedita alla cattura ed all'imprigionamento di tutti i nove cercoteri, ognuno sigillato in un ninja. Dopo aver ucciso suo fratello Itachi, Sasuke scopre che lo sterminio del suo clan - gli Uchiha - era stato commissionato dal consiglio degli anziani del Villaggio della Foglia. Perciò si unisce ad Alba, in cambio dell'aiuto di questa, per distruggere il villaggio. La storia prosegue quindi con Naruto che cerca di sfuggire all'Organizzazione e di redimere il suo migliore amico, considerato come un fratello per lui.